Для удаления отдельной записи в кэше Bind нужно использовать команду "rndc flushname"

Запрашиваем имя mx.example.ru у сервера 127.0.0.1:

   # dig +short @127.0.0.1 mx.example.ru
   192.168.168.168

Сохраняем для изучения дамп с содержимым кэша:
   # rndc dumpdb -all

Находим в нем искомое имя, чтобы убедится, что оно в кэше:

   # grep mx.example.ru /var/bind/named_dump.db
   mx.example.ru.             431988  A       192.168.168.168

Выполняем команду для удаления mx.example.ru из кэша:

   # rndc flushname mx.example.ru. 

Убедимся, что имя удалилось:   

   rm /var/bind/named_dump.db 
   rndc dumpdb -all
   grep mx.example.ru /var/bind/named_dump.db