Для переименования группы директорий первого уровня вложенности с
перекодированием из cp1251 в koi8-r:

find . -type d -maxdepth 1 -exec sh -c 'np=`echo {}|iconv -t koi8-r -f cp1251`; mv "{}" "$np"' \;

Для переименования иерархии файлов:

find . -type f -exec sh -c 'dn=`dirname "{}"`;bn=`basename "{}"`; np=`echo
$bn|iconv -t koi8-r -f cp1251`; mv "{}" "$dn/$np"' \;