Достаточно скопировать любой TTF шрифт в ~/.mplayer/subfont.ttf,например:

     $ cp /usr/local/lib/X11/fonts/msttcorefonts/verdana.ttf ~/. mplayer/subfont.ttf

и добавить в файл ~/.mplayer/config:

     subcp=cp1251


Вариант 2 от Константина Мартынова:
~/.mplayer/config

   font = /usr/X11R6/lib/X11/fonts/TTF/tahoma.ttf
   subcp = "cp1251"
   subfont-text-scale = "3"
   subfont-blur = "8"
   subfont-outline = "8"

задержка субтитров регулируется клавишами z/x.
кодировку субтитров можно задать при запуске ключем -subcp cp1251