Утилита inotifywait из состава пакета inotify-tools позволяет организовать выполнение 
определенного действия в shell скрипте, при изменении, создании, удалении,
перемещении и выполнении
других операций с файлами.

Выполняем программу при появлении нового файла в директории

   inotifywait -e create /home/ftp/incoming --format "%w%f" -q -m| while read file; do
     clamscan $file
  done

Для отслеживания изменений вместо create можно использовать modify, удаления -
delete, перемещения - move и т.п.