Для копирования данных в буфер обмена X Window из консоли следует использовать
утилиты xclip и xsel.

Устанавливаем в Debian/Ubuntu:
   sudo apt-get install xclip

в Fedora/RHEL/CentOS:
   yum install xclip

Копируем вывод команды в буфер обмена:
   sort file.txt | xclip

Выводим содержимое буфера обмена в стандартный поток, который записываем в файл:
   xclip -o > file.txt

Например, так можно отсортировать данные в буфере обмена:
   xclip -o | sort | xclip

посчитать число строк:
   xclip -o | wc | xclip

или перекодировать текст:
   xclip -o | iconv -f cp1251 -t utf-8 | xclip

Компана xsel, выполняет аналогичные действия:
   pwd | xsel
   xsel -o |less