Модуль ngx_http_sub_module изменяет в ответе одну заданную строку на другую.
http://sysoev.ru/nginx/docs/http/ngx_http_sub_module.html

location / {
    sub_filter        </head>
           '</head><script language="javascript" src="$script"></script>';
    sub_filter_once   on;
}

Модуль ngx_http_addition_module добавляет текст до и после ответа.
http://sysoev.ru/nginx/docs/http/ngx_http_addition_module.html