По умолчанию будет использоваться SuPHP.
В httpd.conf:
   LoadModule suphp_module        modules/mod_suphp.so
   LoadModule php4_module         modules/libphp4.so
   AddType application/x-httpd-php .php
   AddType application/x-httpd-php-source .phps
   AddHandler x-httpd-php .php
   suPHP_Engine on
   php_admin_flag engine off

Для избранных хостов активируем mod_php:

   <VirtualHost ..>
     suPHP_Engine off
     RemoveHandler .php
     php_admin_flag engine on
     ...
  </VirtualHost>