В статье "Virtual Filesystem: Building A Linux Filesystem From An Ordinary File" рассказывается про использование файловых систем (ext2, ext3, reiser) созданных внутри файла (в том числе используя шифрование и ACL).

Ниже, отражена суть статьи:

Без шифрования:
    dd if=/dev/zero of=disk-image count=40960
    /sbin/mkfs -t ext3 -q disk-image
    mount -o loop=/dev/loop0 disk-image  fs
   .....работа с разделом
    losetup -d /dev/loop0

С шифрованием:
    modprobe loop
    modprobe cryptoloop
    modprobe aes
    dd if=/dev/urandom of=disk-aes count=102400
    losetup -e aes /dev/loop1 ./disk-aes
    mkfs -t reiserfs /dev/loop1
    mount -o loop,encryption=aes,acl ./disk-aes /fs
    ....работа с разделом
    losetup -d /dev/loop0