В статье "Chrooting Apache and PHP in BSD Howto" по шагам разбирается процесс помещения apache+mod_php+mysql в chroot окружение.
Ниже универсальные команды для автоматизации ручной работы по перемещению нужных библиотек в chroot:
ldd /usr/local/libexec/apache/* | grep '=>' | awk {' print $3 '} | \
grep '/usr/lib' | xargs -J % install -C % CHROOT/usr/lib/
ldd /usr/local/libexec/apache/* | grep '=>' | awk {' print $3 '} | \
grep '/usr/local/lib' | xargs -J % install -C % CHROOT/usr/local/lib/
ldd /usr/local/libexec/apache/* | grep '=>' | awk {' print $3 '} | \
grep '/usr/X11R6/lib' | xargs -J % install -C % CHROOT/usr/X11R6/lib/
|