> Ты считаешь что косяки — правильно

Нет, ты.

Если Qt не вносит выделение в буфер выделения, значит косячит именно Qt. Если Qt способен выделить текст с внесением в буфер, а еще выделить текст без внесения в буфер, значит как раз там и добавили костыль, делающий так, что выделение может работать в двух Qt-специфичных режимах (о которых нет ни слова в ICCCM). GTK+ в этом плане работает всегда предсказуемо и одинаково. Выделено? Значит попало в буфер, точка.

> преодолевай трудности, которых можно было избежать

PRIMARY selection не рассчитан на долгосрочное хранение данных. Чтобы "преодолевать трудности", в ICCCM выдумали SECONDARY selection, читни на досуге (и нет, SECONDARY -- это тоже не Ctrl+C):

    The selection named by the atom SECONDARY is used ... As a means of
    obtaining data when there is a primary selection and the user does
    not want to disturb it.

Далее, что говорят дяди из XDG: https://freedesktop.org/wiki/Specifications/ClipboardsWiki/

    There are two historical interpretations of the ICCCM: <...>
    2. use PRIMARY for the currently-selected text, even if it
    isn't explicitly copied. <...> The current consensus is that
    interpretation 2 is correct. <...> PRIMARY is the current
    selection.

А то, что ты ожидал от PRIMARY selection что-то, что выдумал сам -- твои личные проблемы.