Идея плохая. Соответствующие каталоги корневого уровня (/bin, /sbin, /lib и пр.) являются обязательной частью базовой системы. А /usr (и вложенные каталоги) не является обязательной частью ОС, и вообще может быть на отдельной, в том числе удалённой ФС, и в каких-то обстоятельствах может не монтироваться при запуске ОС.

Читаем: http://www.pathname.com/fhs/pub/fhs-2.3.html

> /bin contains commands that may be used by both the system administrator and by users, but which are required when no other filesystems are mounted (e.g. in single user mode). It may also contain commands which are used indirectly by scripts.

И так по всему списку стандартных каталогов FHS.

Для отделения всевозможных дополнительных файлов и сущностей от базовой системы были специально придуманы и реализованы и собственно /usr, и /usr/local, и /opt. Это разделение придумано не потому, что кто-то до гениального сиверса и прочих поттерингов не догадался свалить все файлы в одну кучу, а по конкретной важной причине.

Но если «линукс ваш новый стандарт», а для упаковки программ всё равно пропихнут ещё одну-две (если не больше) сущности в иерархию ФС, то надо делать всё по-ихнему, ага. Зачем в XXI веке нужен Юникс? На помойку!