Честно говоря, я не понимаю о ком вы. Разработчики Zabbix нигде не делают alter table add column. Разве что при миграции на новую версию.

Иногда структуру базы данных бывает нужно менять. И довольно часто делать это нужно над имеющимися данными, а не экспортом и реимпортом в новую структуру. Так что DDL плохому танцору мешают, а хорошему - нет. Не нравится - учётную запись можно ограничить так, чтобы никаких alter table. Чтобы учётная запись могла только select, insert, update и delete.