>, в результате это приводит к такому срачу в системе, что приходится сносить к чертям собачим PBI и ставить все из классических пакетов-портов при обновлении. Да ладно... Специально для Вас- Warden->create port jail. И, о чудо, Ваши порты и пакеты систему не трогают. Но даже без ports jail у меня никогда небыло конфликтом между PBI и пакетами.
Проблемы потенциально могут составлять только некоторые PBI которые вынуждены ставить симлинки на файлоыую систему за пределами /usr/pbi/. И только в случае если оно еще и пакетом ставится.
>Например VirtualBox и VirtualBox additions, которые в PBI не собираются вообще, а идут в поставке BASE-системы
VirtualBox PBI - ftp://ftp.pcbsd.org/pub/pbioutgoing/i386/9/emulators/virtual.../
VirtualBox additions - а нафига оно в PBI сдалось? hint: guest additions пакет ставится еще на этапе установки (раздел misc в диалоге выбора метапакетов)