Вот тута вы как раз на самом деле и ошибаетесь. Довелось мне, не только,
лицизреть модуль трея, который был написан по всем канонам freedesktop,
но и относительно приложить к нему руки, и покопаться в нем. К чему это я ... к тому, что модуль был написан в полном соответсвтии
со спецификацией. Писал его raster. И получилось, что например тот
же скайп в таком систрее чувствовал себя очень криво. По той простой
причине, что использование им систрея у него заточено под (подозреваю)
КДЕ.
Если хотите могу покопаться в мэйл архиве (иирц за 2007 год) где
raster популярно изложил проблему трея.