>/opt и /media? В /opt некоторые складывают если не ошибаюсь, дополнительно установленный юзером софт. Т.е. юзерская помоечка. Осмысленное объяснение этому действу я видел только 1 раз - в n900. Там это отдельный раздел и действо имеет некий физический смысл (root раздел мелкий и живет на физически отдельном чипе флеша с коего проц может грузиться, а это отдельный выносок под то что юзер навалил из репов, на физически иной сущности - встроенной eMMC карте). В десктопных дистрах это имхо несколько извращенно (во всяком случае, /usr/local ничем таким не хуже, имхо). В дистрах которые юзаю я - /opt не используется, а при желании устроить "слаку" я гажу в /usr/local.
В /media монтируют съемные носители (горячего подключения). Зачем так и почему не в /mnt? Честно говоря - не знаю. Захотели да решили что динамически подключаемые сущности - вот туда. В конце концов - это всего лишь дефолты. Если не нравятся, можно их изменить и монтировать хоть куда. Это не выбито в камне.
>Зачем в некоторых линухах их отделяют от usr и mnt?
Первое - хз, осмысленное описание этого действа я видел только в n900. Второе - наверное чтобы отделить съемные носители от остальных в отдельное место.