Ext3 отличается от Ext2 наличием журнала. Внутреняя структура данных у них идентичная. У флешки ограниченное число циклов записи, отсюда как бы популярное требование: фс для флешки должна быть нежурналируемой.То есть в Linux тебе тоже нужно монтировать флешку как Ext2.
Насколько помню, Windows не умеет понимать несколько разделов на флешка. То есть вариант: первый (маленький) раздел в fat с установщиком драйвера ext2 для win, на втором - ext2 с данными - не проканает.
Или твоя флешка далеко не в каждом компе прочитается, или ты носишь 2 флешки - одну с данными, другую с ext2 драйвером для windows.